爱德华穿过“门”来到1923年的慕尼黑，却发现炼金术在这里被称为“魔法”，而有人想用它打开通往森巴拉的通道。
爱德华·艾尔利克被“门”抛出炼金术世界，降落在现实世界1923年的德国慕尼黑。这里没有炼金术，只有正在抬头的纳粹主义和图勒协会的神秘学。爱德华发现，有人正试图利用现实世界的火箭科技与图勒协会的“魔法”仪式，反向打开通往他原来世界的通道——那里被称为“森巴拉”，一个充满能量与炼金术的乌托邦。但这样会导致两个世界的能量对撞并同时毁灭。弟弟阿尔冯斯在另一边也感应到了哥哥，兄弟俩必须分别在两个世界阻止同一次灾难。最终爱德华选择留在现实世界，为未来可能的重逢留下承诺。
作为03版动画的完美收官，本片将原著的内核与真实历史结合得令人拍案。平行世界的设定不仅不突兀，反而升华了“等价交换”的主题。结局没有大团圆，而是成长与离别，这种痛感正是钢炼区别于其他少年漫的底色。
七个陌生人在一个废弃酒店醒来，广播里说“只有一个人能活着出去”，但他们发现彼此都是死人。
一名黑客潜入开发中的AI城市，却发现所有安卓居民都在秘密模仿他已故的妻子。
人妖混血的少年与小王爷组队降妖，却发现最大的妖怪是自己师父。
1980年釜山，一个底层混混通过收破烂崛起为地下皇帝，二十年后旧敌归来。
含着金汤匙出生的财阀三世因飙车被抓，被迫进警局当片警，结果用钱“砸”破了二十年悬案。
女儿继承了母亲的老宅，在翻修时发现了一本被胶水粘死最后一页的日记。